门：
工部：负责工业发展规划和建设，科学技术研究和推广，专利登记和保护
械部，由原军器司和舰船司组成，负责军器、舰船等武器装备的研发和生产
建部：负责国家大型工程建设，城市建设和民间工程建设的规划审批和管理
汇部：负责公路、铁路、码头、邮政设施的建设和管理
司寇
分管法律、制度建设和监查、执法相关工作，分管部门：
刑部：法律和规章制度的起草和颁布以及修订和宣传
刑部在仁武时代逐步剥离了司法审判权，但是其立法权也同步得到了强化，只不过立法的最终决定权始终在皇帝手中
都察院：中央衙署和地方的官员体系的监查和监督
锦衣卫：全国范围内的民间治安管理，交通指挥和管理，安全生产的监督执行，应急事务的处理，特殊勤务和警备，配合司法机构执行执法任务
锦衣卫在仁武时代逐步转变成了现代警察机构，归属也转到了朝廷上
少师
分管拥军、祭祀、农业、水利，分管部门：
农部：负责农业、农村、农田、林业、渔业、畜牧业等农业相关工作
水部：水力资源的勘探和开发，水利设施的规划和建设
太常寺：负责英烈、功勋、退伍军人的安置和保障，负责国家祭祀活动
少傅
分管天文、气象、历法、授时、资源、环境、交通，外交，分管部门：
钦天监：负责气象记录和预测以及相应技术的研究，负责天文学相关学科的研究，负责历法的编制和校正，负责全世界范围内官方时间的授时工作
太仆寺：负责自然资源的勘探和管理，负责环境保护和污染治理，负责全国的马匹、车辆、船舶、飞机等所有交通工具的登记和管理
少保
分管卫生、健康、社会保障、劳动保障，分管部门：
民部：负责劳动保护和社会福利的制定和实施以及监督
太医院：负责所有医院、医生、医学方面的事务
光禄寺：负责所有食品和卫生安全以及民众健康相关的政策制定和监督
在九卿的职责之外，仍然有一批直属皇帝的独立部门
六科：专门针对中央衙署各部的官员本人的监督和弹劾机构，皇帝当然不能把它不能交给本身也是被监督对象的九卿管理
大理市：本身是最高法院，同时地方司法机构的上级机构，独立于其他部门独立运作
现在大明地方的布政使、知府、知县等政务官员已经没有司法权了
司法独立是世祖皇帝坚持和推广的政策，后续皇帝和官员也都已经接受了这种习惯，所以也不能交给九卿直接分管
五军都督府：大明的统兵和指挥机构，负责世界范围内的军事管理和作战，是独立于朝廷文官体系之外的武官系统，当然也不能给朝廷得九卿管
内阁：本职是机要秘书工