两人生离死别，你爱我，我爱你一番之后，杨叶独自抵达了机器之城，见到了机器帝国的最高统治者机器大帝
杨叶告诉机器大帝：周比利那个超级病毒已经强大到了机器无法控制的地步，很快他就会从矩阵中出来入侵整个机器帝国
到时候所有机器都会被周比利占据，机器帝国将因此毁灭，而只有自己才有能力消灭周比利
他给机器大帝提出了两个选择：让自己进入矩阵，帮助它消灭周比利
条件是不再重启矩阵，并且停止进攻人类世界瀛洲，让机器和人类达成和平
反之鱼死网破，机器人会消灭人类世界
但周比利作为超级病毒，也会感染整个机器帝国，机器和人类将同归于尽
最终，机器大帝选择了与人类达成和解，并让杨叶进入矩阵消灭周比利
杨叶进入矩阵后，发现周比利此时已经控制了整个矩阵，矩阵中几乎所有的人类和程序都被他感染成了自己
这时候的周比利，已经变得无比强大，两人开始决一死战
这场持续十分钟的大战在原版算是很精彩了，杨叶版却再次升级，打得比原版炫酷
原版主要是单挑，而杨叶版加入了群殴
在第一部中，杨叶打一个周比利
在第二部中，杨叶打一百个周比利
到了第三部，杨叶打一亿个周比利
杨叶变身超人，极速飞行，不断利用自己的权限影响，摧毁周比利
整座城市，到处都在爆炸，无数的周比利串联在一起爆开，如同无数升腾而起的烟花，场面十分壮观
不过，这种高燃场面也没持续多久，面对本体，还是得靠肉搏
最终，杨叶不敌周比利，败下阵来
周比利的目标是复制一切，所以他将杨叶复制成了自己
但是，他不知道杨叶是从机器大帝那儿进入矩阵的
当杨叶被周比利占据，两人的数据也就连在了一起
机器大帝通过杨叶的代码，破解了周比利的代码
机器大帝立刻删除了杨叶，作为超级病毒的周比利也被一起删除
于是，杨叶和周比利同归于尽
在瀛洲，机器军团已经攻破了人类最后的防线
但在最后一刻，它们停了下来，全体撤退
自此，杨叶完成了救世主的任务，人类和机器和平相处
最后，杨叶在真实世界中已经死去的肉身被机器们回收，而矩阵也第一次实现了质变的升级
小刘意霏原本是两个程序相爱而生出小孩，一直有被删除的风险
矩阵升级之后，她不再害怕被删除，还可以被分配工作
她选择了制作朝霞的程序，她望着崭新矩阵中绚烂的朝霞，坚信杨叶还会回来
……
整体来说，《矩阵革命》相对前面两部来说，比较平庸
第一部以超强的设定惊艳世人，第二部则是打斗和特效全面升级，看得人眼花缭乱，所以也收获了超高的票房
到了第三部