灵魂在死后，被小丑带走了具体原因，将其囚禁在了黑图书馆里，作为守护灵存在，小丑说是为了一场游戏，哈里法斯告诉了维托，要摧毁混沌并非不可能，在黑图书馆的漫长岁月中，哈里法斯发现了混沌虽然的能量体，但在漫长的信仰崇拜，以及神格化后，其实已经拥有了一個核心，也就是神格
摧毁神格，就可以摧毁混沌诸神，虽然可能无法避免新的神明在漫长的岁月后诞生，但可以摧毁现在的这些，争取时间与和平
带着这个重要的秘密，维托又得知，要找到三圣之心就必须去找伊莎，维托出来后后来与马格努斯长谈了一番，马格努斯表示，他要背叛奸奇，这没什么奇怪的，毕竟奸奇的信徒们嘛，不互相被刺还算奸奇信徒吗？
而不为维托所知的，在之前，小丑偷偷的找到了马格努斯，在科摩罗的废墟中告诉了他当年的真相，奸奇是如何利用他，以及现如今掌握了他一半灵魂，他从未获得过自由的命运，他自始至终，都是个玩偶
这激怒了马格努斯，也让他下定决心，这一次，他会掌握自己的命运，无论是从帝皇手中，还是奸奇那儿，所以马格努斯与维托达成了秘密的盟约，而维托也如愿以偿的，帮助了阿里曼复苏了他的兄弟们，至此千疮之子加入元帅的队伍
随后主角前往了纳垢魔域，与纳垢达成合作，后者不在进攻帝国并与主角缔结不情不愿的盟约，在此时刻主角离间了莫塔里安与纳垢的关系，随后在纳垢魔域的正中央，想办法开启了一扇通往其余三个神领域的大门，导致亚空间大混战
主角将手中的神瘟子弹交给了莫塔里安，让他自己决定，是要真正掌握自己的命运，还是当一个提线木偶，无论是帝皇的还是纳垢的
趁机救出了伊莎，并从她口中得知了三圣之心是古圣打造的圣器，其可以吸收与平衡实体宇宙，与亚空间之间的波涛，类似于中古大漩涡，它可以将帝皇的灵魂吸入其中，并囚禁于此不断地虚弱，禁锢住帝皇无法死去成神，并让主角有机会彻底击败他
伊莎在告诉主角，要找到三圣之心的位置，首先要找到定位器后来就离开，前去统合如今破碎的方舟灵族，主角继续踏上冒险之旅，并在一系列的探险与走访后得知，定位器被珞珈拿着，随后主角计划前往珞珈处，夺来圣器
在前往珞珈的星球时，主角找到了鸦王，并与他，可汗以及科兹一起攻入珞珈的神殿，在这里抢夺了定位器，珞珈与主角对战时遭到了艾瑞巴斯的被刺，他背叛了自己的原体，夺走了他的神格与力量，并献祭了他的全部怀言者兄弟，飞升成神
在濒死前，珞珈回忆了自己的过去表示自己不后悔背叛帝皇，但他很后悔让维托走到如今的这般